Dalam upaya mewujudkan visi tersebut di atas, Misi Pondok Pesantren Modern Al-Islam adalah sebagai berikut:

1. Membangun lembaga pendidikan formal yang berbasis pesantren
   • Mendirikan SMP dan SMA dengan mengacu kurikulum pendidikan Nasional
   • Menyelenggarakan pendidikan berbasis pesantren yang mengacu pada kurikulum Ma’had Al-Islam
2. Menjadikan lembaga pendidikan islam yang professional dan dinamis
   • Menyiapkan tenaga pendidik dan kependidikan yang kompeten dibidangnya
   • Menggunakan pola pendidikan yang terintegrasi antara teori dan terapan
   • Menyediakan sarana dan prasarana pendidikan yang memadai
3. Mencetak santri berkarakter unggul yang berlandaskan Al-quran dan As-sunah
   • Mencetak santri yang beraqidah Islamiyah
   • Mencetak santri yang beribadah Sholihah
   • Mencetak santri yang berakhlaqul karimah
   • Mencetak santri yang hafidz Al-Qur’an
   • Mencetak santri yang mahir 2 bahasa (Bahasa Inggris dan Bahasa Arab)
   • Mencetak santri yang berjiwa pemimpin melalui organisasi pesantren
   • Mencetak santri yang berjasad sehat dan kuat